La tredicesima scena del ciclo della Leggenda di San Francesco della Basilica Superiore, da sempre attribuita a un giovane Giotto, rappresenta la messa di Natale del 1223 a Greccio, quando San Francesco volle rivivere il Natale del Signore con una rappresentazione vivente durante la celebrazione eucaristica.
Secondo la tradizione, questo fu l’inizio del presepe.
La scena qui rappresentata, oltre a mostrare l’amorevole cura con cui Francesco tiene in braccio il bambino Gesù contemplando il mistero, è uno straordinario documento sulla chiesa e la liturgia del ‘200.
Il realismo innovativo di Giotto ci permette di vedere la scena dal lato del presbiterio, riservato a sacerdoti e religiosi e all’epoca separato dalla navata attraverso un’iconostasi, un muro di separazione che era presente anche nella basilica inferiore di San Francesco e i cui marmi sono stati riutilizzati durante la costruzione nella cappella della Maddalena e nella tribuna di San Stanislao. Nell’affresco si può notare che le donne non possono oltrepassare l’iconostasi e sono ferme sulla soglia mentre osservano la scena. I frati a bocca aperta cantano nel coro guardando verso il leggio. Il pulpito è visto dal lato dell'ingresso ed una croce lignea sagomata appesa è vista dal dietro creando un mirabile gioco prospettico.