Il transetto destro della chiesa inferiore è in larga parte occupato da storie legate al tema dell'infanzia realizzate da Giotto e alla sua bottega verso il 1309.

La maggior parte degli episodi riguardano l’infanzia di Gesù. Sull’arco di fondo si trova l'Annunciazione, si prosegue a destra con la Visitazione, la Natività, l'Adorazione dei Magi, la Presentazione di Gesù al Tempio; poi sull'altro lato la Fuga in Egitto, la Strage degli Innocenti, il Cristo tra i dottori e il Ritorno della Sacra Famiglia da Nazareth a Gerusalemme. Attraverso questi affreschi si affronta il grande mistero dell’incarnazione come evidenziato dalla presenza di due bambini Gesù, secondo un’iconografia già presente nell’arte bizantina, nella raffigurazione della Natività.
I due bambini, uno in braccio alla Vergine e l’altro tra le cure delle balie, rappresentano infatti la doppia natura di Cristo, vero Dio e vero uomo.

Al tema si ricollegano altri due episodi di miracoli avvenuti per intercessione di San Francesco legati all’infanzia e raffigurati nel registro più basso.
Un bambino a Roma pur cadendo da una torre non si fa alcun male perché è il 4 ottobre e la mamma sta partecipando alla messa in onore di san Francesco.
Una bambina vittima del crollo di un edificio a Sessa in Campania guarisce miracolosamente grazie alle preghiere rivolte dai familiari al santo.