La tomba di san Francesco, meta ogni anno di milioni di pellegrini da tutto il mondo, è un semplice sarcofago di pietra racchiuso nel pilastro sotto l'altare maggiore della chiesa inferiore della Basilica. Il corpo del santo venne traslato nella Basilica costruita in suo onore nel 1230.

La cripta presso la quale si può visitare la tomba fu scavata nella pietra viva nel 1820. Nelle nicchie d'angolo sono poste le tombe di quattro discepoli del Santo: Leone, Masseo, Rufino e Angelo. Tra le due scale di accesso si trovano anche i resti di Jacopa de’ Settesoli, la benefattrice romana che Francesco era solito chiamare frate Jacopa.

Davanti alla Tomba del Santo arde una lampada votiva alimentata dall’olio donato ogni anno da una diversa regione italiana per la festa del 4 ottobre. Nella ricorrenza del 2020 l'olio è stato donato dalla Regione Marche. Sulla lampada è inciso un verso dantesco, tratto dal XXVI canto del Paradiso: “Non è che di suo lume un raggio”.