Consacrato con la Basilica papale da Innocenzo IV nel 1253, il Sacro Convento è caratterizzato da una storia costruttiva complessa e difficile da documentare con esattezza. Dal 1639 al 1653, vi alloggiò fra' Giuseppe da Copertino, in soggiorno obbligato per ordine del Sant’Uffizio che indagava sulle sue estasi. In epoca napoleonica subì un saccheggio nel 1798 e, dopo l'Unità d'Italia e la soppressione degli ordini religiosi, nel 1875 divenne sede del Convitto nazionale per gli orfani degli insegnanti elementari. Solo nel 1927 fu restituito ai frati minori conventuali. Nel 2000 il complesso monumentale costituito dalla Basilica e dal Sacro Convento è stato inserito nella Lista del patrimonio dell'umanità dell'UNESCO.

Tutte le sue superfici sono state costruite nella tipica pietra del Subasio, che alla luce del sole si accende di rosa e a quella della luna si ammanta di bianco. E' circondato a sud-ovest da orto e oliveto e a nord dall'antica selva. Aderendo ad un'iniziativa del Fondo Ambiente Italiano (FAI), la Custodia del Sacro Convento ha consentito all'apertura del tratto di sentiero che dal lato nord della Piazza superiore di San Francesco scende attraverso la selva fino a quello che è stato chiamato "Bosco di San Francesco".