All’interno del Sacro Convento di S. Francesco in Assisi hanno la loro sede:

- la Biblioteca del Sacro Convento, biblioteca ecclesiastica aperta al pubblico, dipendente dalla Custodia Generale del Sacro Convento dei Frati Minori Conventuali. Dal 1971 svolge le funzioni di Biblioteca di istituto dell'Istituto Teologico di Assisi, aggregato alla Facoltà di Sacra Teologia della Pontificia Università Lateranense in Roma;

- il Fondo antico della Biblioteca Comunale di Assisi, che raccoglie le biblioteche dei conventi di Assisi soppressi nel 1866, collocato nella Biblioteca del Sacro Convento 1981 in virtù di una convenzione con il Comune di Assisi;

- La Biblioteca della Società Internazionale di Studi Francescani - SISF, ospitata dalla Biblioteca del Sacro Convento dal 1999.

Vi sono ospitati, inoltre, i fondi dell'Archivio Storico Conventuale, dell'Archivio Fotografico e dell'Archivio della Cappella Musicale della Basilica di San Francesco.

Il catalogo online della biblioteca è consultabile all'indirizzo: www.biblioassisi.it.
La Biblioteca è inoltre presente, in particolare per le ultime acquisizioni, nel Polo regionale umbro SBN UM1: http://opac.umbriacultura.it/SebinaOpac/.do