La costruzione della chiesa superiore della Basilica papale di San Francesco in Assisi venne conclusa nel 1253 da Innocenzo IV.

La sua architettura richiama il gotico francese ma con linee e colori semplici e luminosi, secondo uno stile tipicamente italiano. L'interno è costituito da una sola navata a quattro campate, con un largo transetto e abside poligonale. Le finestre presentano vetrate colorate ed i contrafforti consistono in fasci di colonnine. L'insieme architettonico crea un senso di equilibrio e di serenità.

Il presbiterio è decorato con affreschi di Cimabue e del pittore noto come il Maestro Oltremontano. La navata offre, nei registri più alti, affreschi sulla storia della salvezza, opera di diversi artisti ed in particolare di Jacopo Torriti e, nel registro sottostante, un ciclo sulla storia di Francesco e del suo Ordine, opera di Giotto a giudizio di alcuni studiosi o di una scuola pittorica romana secondo altri.