La Cappella di San Giovanni Battista - Nel transetto meridionale della chiesa inferiore della Basilica, accanto alla porta sul lato est dalla quale si accede alla Sagrestia Inferiore, si trova una cappella dedicata a san Giovanni il Battista.

Costruita a cavallo del Trecento, fu commissionata dal cardinale Napoleone Orsini per la propria sepoltura, insieme con la corrispondente Cappella di San Nicola nel transetto settentrionale, voluta per il fratello Gian Gaetano Orsini, anch'egli cardinale, morto durante il conclave del 1292-1294. Napoleone Orsini, però, morì nel 1342 ad Avignone e lì fu sepolto. Gli stemmi degli Orsini sono presenti nelle decorazioni delle pareti e nelle vetrate.

Nella cappella di San Giovanni Battista è conservato il Velo della Vergine, in un armadio di ferro battuto decorato con "Storie del Velo della Vergine" (1926) che riproducono pagine dei Vangeli ("Annunciazione", "Natività", Adorazione dei Magi", "Presentazione al Tempio") e vicende tradizionalmente attribuite alla reliquia del Velo.
Sull'altare della cappella campeggia il bellissimo trittico della "Madonna col Bambino tra san Giovanni Battista e san Francesco", opera di Pietro Lorenzetti (1315 c.ca).