La Cappella della Maddalena è la terza laterale destra nella navata centrale della Chiesa inferiore della Basilica, l'ultima verso il transetto nord. Venne commissionata da Teobaldo Pontano, vescovo di Assisi dal 1296 al 1329, a Giotto, che ci lavorò con la sua bottega tra il 1307 e il 1308, poco dopo aver realizzato gli affreschi padovani della Cappella degli Scrovegni.

Lungo tutte le superfici della Cappella sono raffigurati episodi della vita della Santa, tratti dai Vangeli e dai racconti della tradizione cristiana. Nel registro mediano, sulla parete ovest sono raffigurate le scene evangeliche della Risurrezione di Lazzaro e della Cena in casa del fariseo, mentre su quella est il Noli me tangere ed il Viaggio di Maria Maddalena verso Marsiglia con un miracolo della Santa.
Nelle lunette superiori delle due pareti sono affrescati episodi della vita eremitica di Maria Maddalena, mentre nei quadri del registro più basso il vescovo Pontano è ritratto come devoto della Santa e di san Rufino, patrono di Assisi. Accanto sono raffigurate figure di altre Sante, numerose anche sulle pareti dei sottarchi con gli apostoli, altri santi e personaggi dei vangeli.
La parete nord della Cappella è in gran parte occupata da un'ampia vetrata che presenta gli stessi temi iconografici degli affreschi e la volta a crociera presenta nelle quattro vele medaglioni con i ritratti di Cristo Redentore, Maria Maddalena, Lazzaro e Marta.

La Cappella ha subito un intervento di restauro nel corso del 2020: leggi l'intervista al capo restauratore.
Per l'inaugurazione ufficiale della Cappella restaurata sabato 24 luglio alle 17.30, nella Sala stampa del Sacro Convento, si terrà un convegno dal titolo Giotto ritrovato: il restauro della Cappella della Maddalena. Maria di Magdala: ritrovare l’Apostola degli apostoli. Scopri il programma completo degli eventi per l'inaugurazione.