San Giovanni Battista è ritratto nella volta della terza campata della chiesa superiore della Basilica, detta "la volta degli Intercessori", che riprende e arricchisce la iconografia della Deesis, tipica del mondo bizantino. Nella composizione, opera di Jacopo Torriti e della sua bottega romana (1288-1290 ca.), il Battista appare accanto al Cristo benedicente, insieme con la Vergine Maria e san Francesco. Ogni figura è incorniciata da un cerchio all'interno di un quadrante della volta.

Il significato della Deesis nell’arte bizantina era infatti quello di affermare, da un lato, la signoria divina di Cristo, dall’altro, il ruolo di Maria e Giovanni Battista nella preghiera e per l’intercessione. Ad Assisi, Jacopo aggiunge dunque l’immagine di Francesco, che con la sua vita e con la sua intercessione indica al credente - come il Battista - Cristo e lo guida nel vivere il passaggio dal vecchio al nuovo Adamo.