Sancta Lucia - Forse non a caso entrambe le raffigurazioni di santa Lucia nella Basilica di San Francesco si trovano in due vetrate, come a sottolineare il suo particolare rapporto con la luce.

Nel transetto di ingresso della chiesa inferiore, infatti, nelle vetrate della cappella di Santa Caterina d'Alessandria, realizzate tra il 1320 al 1325, per l'esattezza nella luce di destra di quella centrale, la Santa è ritratta con nimbo e corona in un tabernacolo, leggermente girata verso la figura accanto, in cui è raffigurata Sant'Agnese, anch'essa martire. Santa Lucia indossa sopra una sottoveste di colore violetto, lunga fino a terra, un soprabito verde, decorato con applicazioni e orli dorati, aperto sui fianchi e sul davanti. Nella mano destra sembra portare una lampada, ma l'identificazione con santa Lucia è assicurata solo dalla scritta, anche se i suoi attributi hanno dato indotto gli studiosi a diverse possibili interpretazioni: per il particolare della mano sinistra alcuni avanzano l'ipotesi di un lembo bianco di stoffa, mentre nella destra alcuni riconoscono piuttosto un vasetto d'argento.

Anche nella figura ritratta nella chiesa superiore, nella vetrata e luce di destra del transetto meridionale - parete sud, la Santa può essere identificata meglio tramite la scritta che grazie ai suoi attributi. Anche qui è incoronata e seduta su un trono al di sotto di un'architettura a tabernacolo, vestita di colore rosa fino ai piedi con cintola sulla vita, al di sotto di un mantello verde mela foderato di giallo con bordo chiaro e ornato, chiuso sul petto come una spilla. La palma che regge nella mano è il simbolo del martirio subito.
Le vetrate del transetto meridionale della chiesa superiore furono realizzate tra il 1275 e restaurate dal 1943 al 1949.