La cappella di san Martino - La prima cappella a sinistra nella chiesa inferiore della Basilica è interamente dedicata a un ciclo di affreschi sulla vita di San Martino (316-397), ad opera di Simone Martini, uno dei maggiori e più influenti artisti del Trecento italiano. Voluta e finanziata dal cardinale Gentile Partino da Montefiore, fu realizzata dal maestro senese in cinque anni, dal 1313 al 1318. San Martino è co-patrono della Francia, insieme a Maria SS. Assunta, Santa Giovanna d'Arco e Santa Teresa di Lisieux.

La scelta di impreziosire la Basilica dedicata al culto di san Francesco con raffigurazioni della vita di san Martino è stata certamente motivata anzitutto dalla grande devozione che in epoca medievale si nutriva per il santo vescovo di Tours, concepito largamente come illustre esempio di santità. Accostandolo a san Francesco si affermava che la testimonianza di santità del Poverello di Assisi era altrettanto fulgida.
Inoltre, tra i due santi gli uomini del tempo potevano cogliere delle forti somiglianze: entrambi avevano combattuto da soldati, entrambi avevano donato le proprie vesti ai poveri, entrambi si erano fatti appassionati ambasciatori itineranti di pace.

Il ciclo pittorico della cappella va letto dal basso verso l'alto partendo dal primo affresco in basso a sinistra. Le scene rappresentano, nell'ordine:
- san Martino che divide il mantello con il povero
- l'apparizione in sogno a san Martino di Cristo e degli angeli
- l'investitura di san Martino a cavaliere
- la rinuncia di san Martino alle armi
- la visita all'imperatore il cui trono si incendia
- la resurrezione di un fanciullo
- una messa miracolosa in cui gli angeli coprono le braccia del santo sprovviste del mantello donato a un povero
- il sogno di sant'Ambrogio durante la messa mentre san Martino muore
- la morte di san Martino
- i funerali di san Martino.

Sopra l'arco di ingresso è rappresentata la dedicazione del cardinale a san Martino, mentre accanto alle tre finestre della parete di fondo sono raffigurati busti di Santi cavalieri (a sinistra), di Santi vescovi o pontefici (al centro) e di Santi eremiti o fondatori di ordini (a destra).
Sotto l'arcone di ingresso sono affrescati otto santi a figura intera e a coppie:
- Santa Maria Maddalena e santa Caterina d'Alessandria (in basso a destra),
- Sant'Antonio di Padova e san Francesco (in alto a destra),
- Santa Chiara e sant'Elisabetta d'Ungheria (in basso a sinistra),
- San Luigi di Francia e san Ludovico di Tolosa (in alto a sinistra).

Le vetrate delle tre finestre furono realizzate da Giovanni di Bonino tra il 1312 e il 1317, probabilmente sempre su disegno di Simone Martini.

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