La Cappella di San Nicola - Situata in fondo al transetto destro della chiesa inferiore della Basilica, alle spalle della Cappella delle reliquie che vi è stata recentemente allestita, la Cappella dedicata a san Nicola venne affrescata attorno al 1308-1310 da maestri giotteschi, conosciuti come Maestro di San Nicola e Maestro Espressionista di Santa Chiara. Gli affreschi narrano appunto le Storie di san Nicola, detto di Bari perché in questa città giunsero le sue reliquie dall'Asia Minore, dove in realtà il santo vescovo era nato e aveva operato.

La cappella, di forma poligonale, fu commissionata da Napoleone Orsini per ospitare la tomba del fratello Giovanni morto nel 1292, ma venne realizzata solo nel primo decennio del Trecento da un artista umbro della scuola di Arnolfo di Cambio. La scelta devozionale della dedica a san Nicola è legata a papa Niccolò III, fratello di Napoleone e Giovanni Orsini.

Nell'archivolto sono raffigurati dodici santi a coppie, come anche in altre cappelle della chiesa inferiore. Sulla parete interna dell'arcone di ingresso San Francesco e san Nicola raccomandano a Gesù Napoleone e Gian Gaetano Orsini, sotto i quali sono ritratti in due la Maddalena e San Giovanni Battista.

Le storie di San Nicola partono dalla destra dell'arcone: il santo vescovo fornisce la dote a tre fanciulle, salva dei naufraghi, benedice un penitente con la corda al collo inginocchiato dinanzi a lui. A sinistra San Nicola salva tre innocenti condannati a morte e appare in sogno a Costantino. Nella parete destra è raffigurata la risurrezione di un bambino per sua intercessione, la liberazione di uno schiavo e la sua restituzione ai genitori; nella parete sinistra un ebreo profana il busto del santo. Nella zona inferiore sono rappresentati santi, che si trovano pure sulle vetrate, anch'esse di un artista di scuola giottesca

Sopra la tomba di Giovanni Orsini, infine, si trova l'affresco della Madonna col Bambino tra i santi Nicola e Francesco del Maestro di San Nicola, forse su cartone di Giotto.
Gli affreschi sono caratterizzati da figure allungate, con architetture fantasiose di sfondo, curate nei dettagli e con numerosi inserti che simulano mosaici cosmateschi.

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