La Cappella della Maddalena - La chiesa inferiore della Basilica custodisce nella Cappella della Maddalena uno dei cicli pittorici più importanti della bottega di Giotto. In particolare vi appare una famosa raffigurazione del "Noli me tangere" che, insieme con l'altra custodita nella Cappella degli Scrovegni di Padova, rappresenta in tratti e colori la meditazione del grande pittore medievale sulla Risurrezione.

La Cappella fu commissionata da Teobaldo Pontano, vescovo di Assisi dal 1296 al 1329, a Giotto, che ci lavorò con i suoi allievi molto probabilmente appunto in concomitanza con la realizzazione degli affreschi padovani della Cappella degli Scrovegni.

Lungo tutte le superfici della Cappella sono rappresentate splendide raffigurazioni riguardanti la vita della Santa. I quadri principali raffigurano gli episodi giovannei che secondo la tradizione latina vedevano protagonista Maria di Magdala, nella cui figura venivano accomunate la sorella di Marta e Lazzaro, la peccatrice penitente che lavò i piedi di Gesù con le proprie lacrime e i propri capelli e la discepola appassionata che corse al sepolcro di Gesù la mattina di Pasqua. Gli affreschi di Giotto rendono testimonianza anche alle tradizioni successive sulla vita della Maddalena: il suo viaggio con Lazzaro e Marta verso la Francia e il suo ritiro eremitico al termine della vita.