Nella navata della chiesa superiore della Basilica è affrescato il volto di san Paolo. L'opera è attribuita ai maestri di cantiere di Giotto ed è datata al 1290 c.ca. E' significativa anche la sua posizione, incastonata tra le decorazioni pittoriche della controfacciata, la parete interna d'ingresso, e più esattamente nel registro superiore accanto al rosone. Il tondo con il volto di Paolo è posizionato alla sinistra del rosone e simmetricamente sulla destra gli corrisponde un altro ritratto in tondo, quello di san Pietro. Il modello di riferimento è quello delle effigi papali nelle grandi Basiliche romane.

Nella raffinata e complessa simbologia delle decorazioni artistiche della chiesa, questa posizione non è casuale. Il fedele all'interno della navata, infatti, volgendosi al portale d'ingresso può ricordare anche così che la Porta della fede è Cristo (cfr. Giovanni 10,1), simboleggiato anche dal rosone, poiché Cristo è anche la Luce del mondo (cfr. Giovanni 8,12). Alla sua sinistra (nella simbologia medievale, la posizione della Sinagoga) e alla sua destra (la posizione della Chiesa) stanno appunto Paolo e Pietro, che hanno portato la luce del vangelo alle genti e hanno loro permesso di attraversare la porta della fede con il battesimo. Sempre nel registro superiore della controfacciata, infatti, sono anche raffigurati gli eventi fondativi della Chiesa: a sinistra, sotto il ritratto di Paolo, la Pentecoste; a destra, sotto quello di Pietro, l'Ascensione. In questo modo l'intera controfacciata è memoria ed annuncio della nascita della Chiesa come inizio del cammino del cristiano verso la salvezza, simboleggiata dall'altare eucaristico al termine della navata.

Rispetto a Pietro raffigurato in posizione frontale, il ritratto di Paolo è caratterizzato da una leggera torsione del collo da sinistra a destra, a simboleggiare pittoricamente la sua conversione insieme con il manto viola che lo avvolge.